 
|
Kit Konstruksi Perpustakaan Pengurutan Hemat Biaya Dari Produsen China
Detail produk:
| Tempat asal: | Cina |
| Nama merek: | GDSBio |
| Sertifikasi: | ISO9001, ISO13485 |
| Nomor model: | KM001-A, KM001-B |
Syarat-syarat pembayaran & pengiriman:
| Kuantitas min Order: | 1 paket |
|---|---|
| Harga: | US $0.2-0.75 / Piece |
| Kemasan rincian: | Kemasan Karton |
| Waktu pengiriman: | 8 hari kerja |
| Syarat-syarat pembayaran: | L/C, D/A, D/P, T/T, Western Union, MoneyGram |
| Menyediakan kemampuan: | 5000 Kit/Minggu |
|
Informasi Detail |
|||
| Kucing. TIDAK.: | KM001-A, KM001-B | Spesifikasi Tabung: | KM001-A/24 rxns; KM001-B/96 rxns |
|---|---|---|---|
| Platform Pengurutan: | MGI | Bahan Masukan: | DNA |
| Kehidupan Rak: | 12 bulan | Penyimpanan: | -20°C |
| Cahaya Tinggi: | Inaktivasi Tabung Pengambilan Sampel Virus Sekali Pakai,Tabung Pengambilan Sampel Virus Sekali Pakai FDA,VTM tabung pengambilan sampel virus yang tidak aktif |
||
Deskripsi Produk
Kit Persiapan Pustaka DNA Cepatuntuk MGI
[Nama Produk]
Kit Persiapan Pustaka DNA Cepat untuk MGI
[Kucing.No./Spesifikasi]
KM001-A/24 rxns;KM001-B/96 rxns;karung sampel / 6 rxns
[Deskripsi Produk]
Bertujuan untuk platform pengurutan throughput tinggi MGI, kit ini menyediakan skema konstruksi perpustakaan DNA yang nyaman dan universal dalam satu tabung.Ini menggabungkan perbaikan akhir dan A-Tailing menjadi satu langkah, dan reagen sangat dicampur terlebih dahulu, sangat mempersingkat waktu konstruksi perpustakaan dan mengurangi kesalahan yang disebabkan oleh langkah-langkah yang membosankan.Persiapan akhir, ligasi adaptor, amplifikasi dan pemurnian DNA beruntai ganda yang terfragmentasi dapat dilakukan dalam waktu sekitar 2 jam.Kuantifikasi perpustakaan lengkap dapat dilakukan dengan metode pewarna fluoresen dsDNA (misalnya, Thermo Qubit Flex Fluorometer) atau PCR kuantifikasi absolut setelah mengencerkan perpustakaan ke konsentrasi yang sesuai.
[Jenis Sampel]
| Aplikasi | Jenis Sampel | Jumlah yang Direkomendasikan |
| Pengurutan seluruh genom | Genom kompleks berkualitas tinggi | 50ng-1μg |
| Pengurutan tangkapan target seluruh exome | Genom kompleks berkualitas tinggi | 10ng-1μg |
| Pengurutan penangkapan target seluruh genom | DNA FFPE | ≥50ng |
| Pengurutan penangkapan target seluruh genom | cfDNA/ctDNA | ≥100pg |
| Pengurutan seluruh genom | Genom mikroba | 1ng-1μg |
| ChIP-Seq | DNA ChIP | ≥100pg |
| Pengurutan yang ditargetkan | Amplikon | ≥100pg |
[Kondisi Penyimpanan & Umur Simpan]
Semua reagen harus disimpan pada suhu -20°C.Penyangga ligasi normal untuk kristal mengendap pada suhu rendah, itu harus seimbang dengan suhu kamar sebelum digunakan.Produk ini berlaku selama 12 bulan.
[Komponen]
| Komponen | 24 rxn | 96 rxns |
| Perbaikan Akhir & Campuran A-Tailing | 480 μl | 4×480 ul |
| Ligase DNA cepat | 120 μl | 2×240μl |
| Penyangga Ligasi Cepat | 600 μl | 4×600μl |
| 2× Campuran Master PCR Perpustakaan HIFI | 600 μl | 4×600μl |
| Campuran Primer untuk MGI* | 120 μl | 480 μl |
* Jika ada lebih dari satu sampel, campuran primer adaptor #KM002 dan #KM003 direkomendasikan.Kit ini menyediakan satu set primer.
Catatan: manik-manik pilihan yang disarankan: #NC1011 GDSPure DNA Selection Magbeads atau manik-manik AMPure XP.
[Catatan]
1. Kami menawarkan dua jenis set primer Adaptor Universal (#KM002 dan #KM003, dibeli terpisah), tetapi pelanggan juga dapat memilih dari produsen lain atau mensintesis Adaptor mereka sendiri untuk platform pengurutan MGI.Terlalu banyak Adaptor akan menyebabkan pembentukan dimer Adaptor, dan Adaptor yang tidak mencukupi akan menyebabkan output perpustakaan yang rendah.Oleh karena itu, konsentrasi Adaptor yang tepat menentukan konsentrasi dan kualitas perpustakaan.Konsentrasi adaptor yang direkomendasikan untuk jumlah input DNA yang berbeda ditunjukkan pada tabel berikut:
Tabel 1 Rekomendasi Penggunaan Konsentrasi Adaptor
| Masukan DNA | Konsentrat yang Direkomendasikanuntuk Adaptor | Adaptor: Masukkan Rasio Mol | Derajat Pengenceran Adaptor GDS* |
| 1μg | 10μM | 10:1 | Tidak ada pengenceran |
| 500 ng | 10μM | 20:1 | Tidak ada pengenceran |
| 250 ng | 10μM | 40:1 | Tidak ada pengenceran |
| 100 ng | 7,5μM | 100:1 | 3:4 |
| 50 ng | 5μM | 200:1 | 1:2 |
| 25ng | 2,5μM | 200:1 | 1:4 |
| 1ng | 1μM | 200:1 | 1:10 |
* Dinyatakan sebagai rasio volume adaptor terhadap pengencer
2. Enzim yang digunakan dalam 2× HIFI Library PCR Master Mix adalah DNA polimerase keluarga B, yang memiliki aktivitas eksonuklease 5 '-3' polimerase dan 3 '-5', tetapi tidak memiliki aktivitas eksonuklease 5 '-3'.Ini memiliki kesetiaan dan homogenitas yang tinggi, dan kemampuan sintesis berkelanjutan yang kuat.Kontrol ketat jumlah siklus amplifikasi sangat penting untuk output perpustakaan.Tabel berikut menunjukkan jumlah siklus amplifikasi yang direkomendasikan sesuai dengan jumlah masukan DNA yang berbeda:
Tabel 2 Jumlah Siklus Amplifikasi yang Direkomendasikan Sesuai dengan Input Sampel yang Berbeda
| Masukan DNA | Jumlah Siklus Amplifikasi yang Disarankan | |
| Perpustakaan 100ng | Perpustakaan 1μg | |
| 1μg | 0 | 2-5 |
| 500 ng | 0 | 2-5 |
| 250 ng | 1-3 | 5-7 |
| 100 ng | 2-4 | 6-8 |
| 50 ng | 4-6 | 8-10 |
| 25ng | 5-7 | 9-12 |
| 10 ng | 7-9 | 11-13 |
| 5ng | 9-11 | 13-14 |
| 2.5ng | 10-12 | 14-16 |
| 1ng | 11-13 | 15-17 |
Catatan: 1. Tabel di atas menunjukkan hasil pengujian menggunakan DNA standar 150bp, yang hanya untuk referensi.
2. Jika konektor yang tidak lengkap digunakan, jumlah siklus minimum (1-3) harus diperkuat untuk mendapatkan perpustakaan yang lengkap.
3. Jika kualitas input DNA buruk, atau pemilihan ukuran dilakukan selama konstruksi perpustakaan, jumlah siklus amplifikasi harus ditingkatkan secara tepat.
[Proses Konstruksi Perpustakaan Standar]
Akhiri Perbaikan
Catatan: Jika DNA yang terfragmentasi melebihi 45 μl sebelum langkah ini, atau buffer tidak kompatibel dengan buffer perbaikan akhir, pemurnian manik magnetik harus dilakukan terlebih dahulu.
1. Siapkan reaksi berikut dalam tabung PCR 200 μl:
| Reagen | Volume |
| DNA yang terfragmentasi | Variabel |
| Perbaikan Akhir & Campuran A-Tailing | 20 μl |
| ddH2HAI | Sampai 65 μl |
2. Vortex perlahan dan putar sebentar agar tercampur rata, centrifuge sebentar dan kumpulkan semua cairan ke dasar tabung.
3. Lakukan reaksi berikut dalam thermal cycler:
| Suhu | Waktu |
| 20°C | 15 menit |
| 65°C | 15 menit |
| 4°C | ∞ |
Adaptor Ligation
1. Lanjutkan reaksi ligasi sesegera mungkin setelah persiapan akhir.
2. Encerkan adaptor sesuai Tabel 1.
3. Siapkan sistem reaksi berikut:
| Reagen | Volume |
| Produk perbaikan akhir dan A-Tailing | 65 μl |
| Penyangga Ligasi Cepat | 25 μl |
| Ligase DNA cepat | 5 μl |
| Adaptor X untuk MGI | 5 μl |
| Total | 100 μl |
4. Vortex perlahan dan putar sebentar agar tercampur rata, centrifuge sebentar dan kumpulkan semua cairan ke dasar tabung.
5. Lakukan reaksi berikut dalam thermal cycler:
| Suhu | Waktu |
| 20°C | 15 menit |
| 4°C | ∞ |
DirekomendasikanSsolusi untukPembersihan PCR/Pemilihan Ukuran(volume manik magnetik spesifik harus disesuaikan dengan sampel sebenarnyaukuran)
1. Siapkan 100 μl produk ligasi ke dalam tabung sentrifus yang sesuai.
2. Tambahkan 100 μl manik-manik magnetik seleksi DNA yang disuspensikan ke dalam sampel.Tiup perlahan dengan pipet selama 10 kali (atau vortex selama 30 detik).Inkubasi sampel selama 5 menit pada suhu kamar.
3. Tempatkan tabung pada rak magnet yang sesuai untuk memisahkan manik-manik dari supernatan.Saat larutan jernih, hati-hati keluarkan dan buang supernatan dengan pipet (jangan membuang manik-manik).
4. Tambahkan 200 μl 80% etanol yang baru disiapkan ke dalam tabung saat berada di rak magnet.Inkubasi pada suhu kamar selama 30 detik, lalu lepaskan dan buang supernatan dengan hati-hati (jangan ganggu manik-manik).
5. Ulangi Langkah 4 sekali untuk total dua kali pencucian.
Catatan: Pastikan untuk menghilangkan semua cairan yang terlihat setelah pencucian kedua.
6. Keringkan manik-manik dengan udara sampai permukaan manik-manik magnet tidak memiliki kilau yang jelas saat tabung berada di rak magnet dengan tutupnya terbuka.
Catatan: Jangan mengeringkan manik-manik secara berlebihan, hal ini dapat mengakibatkan pemulihan DNA yang lebih rendah.Saat manik-manik mulai retak, artinya terlalu kering.
7. Lepaskan tabung dari rak magnetik.Tambahkan 22 μl buffer elusi (10mM Tris-HCl, pH8.0-8.5) ke dalam tabung.Aduk rata dengan memipetkan ke atas dan ke bawah setidaknya 10 kali atau pada vortex mixer selama 30 detik.Inkubasi selama 3-5 menit pada suhu kamar.
8. Tempatkan tabung di rak magnet.Setelah 5 menit (atau bila larutan jernih), pindahkan 20 µl supernatan ke tabung baru.Pemilihan selesai, dan DNA yang dipilih dapat digunakan untuk eksperimen selanjutnya atau disimpan pada suhu -20°C untuk waktu yang lama.
Amplifikasi Perpustakaan
1. Siapkan reaksi berikut dalam tabung PCR 200 μl:
| Reagen | Volume |
| Produk ligasi setelah pembersihan atau pemilihan ukuran | 20 μl |
| 2× Campuran Master PCR Perpustakaan HIFI | 25 μl |
| Campuran primer untuk MGI | 5 μl |
| Total | 50 μl |
2. Vortex perlahan dan putar sebentar agar tercampur rata, centrifuge sebentar dan kumpulkan semua cairan ke dasar tabung.
3. Lakukan reaksi berikut dalam thermal cycler:
| Suhu | Waktu | Nomor Siklus |
| 95°C | 3 menit | 1 |
| 98°C | 20 detik |
Pilih jumlah siklus yang sesuai menurut Tabel 2 |
| 60°C | 15 detik | |
| 72°C | 30 detik | |
| 72°C | 5 menit | 1 |
| 4°C | ∞ | - |
DirekomendasikanSsolusi untukPembersihan PCR/Pemilihan Ukuran(volume manik magnetik spesifik harus disesuaikan dengan sampel sebenarnyaukuran)
1. Siapkan 50 μl produk ligasi ke dalam tabung sentrifus yang sesuai.
2. Tambahkan 45 μl manik-manik magnetik seleksi DNA yang disuspensikan ke dalam sampel.Tiup perlahan dengan pipet selama 10 kali (atau vortex selama 30 detik).Inkubasi sampel selama 5 menit pada suhu kamar.
3. Tempatkan tabung pada rak magnet yang sesuai untuk memisahkan manik-manik dari supernatan.Saat larutan jernih, hati-hati keluarkan dan buang supernatan dengan pipet (jangan membuang manik-manik).
4. Tambahkan 200 μl 80% etanol yang baru disiapkan ke dalam tabung saat berada di rak magnet.Inkubasi pada suhu kamar selama 30 detik, lalu lepaskan dan buang supernatan dengan hati-hati (jangan ganggu manik-manik).
5. Ulangi Langkah 4 sekali untuk total dua kali pencucian.
Catatan: Pastikan untuk menghilangkan semua cairan yang terlihat setelah pencucian kedua.
6. Keringkan manik-manik dengan udara sampai permukaan manik-manik magnet tidak memiliki kilau yang jelas saat tabung berada di rak magnet dengan tutupnya terbuka.
Catatan: Jangan mengeringkan manik-manik secara berlebihan, hal ini dapat mengakibatkan pemulihan DNA yang lebih rendah.Saat manik-manik mulai retak, artinya terlalu kering.
7. Lepaskan tabung dari rak magnetik.Tambahkan 22 μl buffer elusi (10mM Tris-HCl, pH8.0-8.5) ke dalam tabung.Aduk rata dengan memipetkan ke atas dan ke bawah setidaknya 10 kali atau pada vortex mixer selama 30 detik.Inkubasi selama 3-5 menit pada suhu kamar.
8. Tempatkan tabung di rak magnet.Setelah 5 menit (atau bila larutan jernih), pindahkan 20 µl supernatan ke tabung baru.Pemilihan selesai, dan DNA yang dipilih dapat disimpan pada suhu 2-8°C selama 1-2 minggu atau disimpan pada suhu -20°C untuk waktu yang lama.
[Lampiran]Skema yang Direkomendasikan untuk Pemilihan Dua Sisi
Jika pemilihan putaran ganda diperlukan, kami menyediakan skema berikut untuk memilih volume manik magnetik yang sesuai dengan ukuran perpustakaan yang diharapkan.Pemilihan ukuran dapat dilakukan sebelum perbaikan akhir atau setelah amplifikasi.Dua atau lebih pemilihan putaran ganda akan sangat mengurangi hasil perpustakaan.
Isi volume pustaka pada tabel di bawah ini hingga 100 μl.Pilih volume manik-manik magnet dalam dua putaran sesuai dengan ukuran perpustakaan yang diharapkan.Dan lakukan operasi pemilihan sesuai dengan instruksi berikut.
Tabel 3 Jumlah Manik Magnetik yang Direkomendasikan untuk Seleksi Putaran Ganda
| Ukuran Pustaka yang Diharapkan | 150bp | 200bp | 250bp | 300bp | 400bp | 500bp | 600bp | 700bp | |
| Volume Manik-manik (μl) | Ronde 1 | 100 | 90 | 80 | 70 | 60 | 55 | 50 | 45 |
| Ronde 2 | 30 | 20 | 20 | 20 | 20 | 15 | 15 | 15 | |
1. Isi volume perpustakaan hingga 100 μl dalam tabung PCR 200μl dan beri label sebagai A. Tambahkan volume tertentu manik-manik Magnetik sesuai Tabel 3 (Putaran 1) ke tabung A. Tiup perlahan dengan pipet selama 30 detik.Inkubasi sampel selama 5 menit pada suhu kamar.
2. Tempatkan tabung A pada rak magnet yang sesuai untuk memisahkan manik-manik dari supernatan.Saat larutan jernih, pindahkan supernatan dengan hati-hati ke tabung baru dan beri label sebagai B. Buang manik-manik.
3. Tambahkan manik-manik Magnetik dengan volume tertentu sesuai Tabel 3 (Putaran 2) ke tabung B. Tiup pelan-pelan dengan pipet selama 30 detik.Inkubasi sampel selama 5 menit pada suhu kamar.Tempatkan tabung B pada rak magnetik.Ketika solusinya jelas, lepaskan dan buang supernatan dengan hati-hati.
4. Tambahkan 200 μl 80% etanol segar ke dalam tabung B saat berada di rak magnet.Inkubasi pada suhu kamar selama 30 detik, lalu lepaskan dan buang supernatan dengan hati-hati (jangan ganggu manik-manik).
5. Ulangi Langkah 6 sekali untuk total dua kali pencucian.
Catatan: Pastikan untuk menghilangkan semua cairan yang terlihat setelah pencucian kedua.
6. Keringkan manik-manik dengan udara sampai permukaan manik-manik magnet tidak memiliki kilau yang jelas saat tabung B berada di rak magnet dengan tutup terbuka.
Catatan: Jangan mengeringkan manik-manik secara berlebihan, hal ini dapat mengakibatkan pemulihan DNA yang lebih rendah.Saat manik-manik mulai retak, artinya terlalu kering.
7. Lepaskan tabung B dari rak magnet.Tambahkan 22 μl buffer elusi ke dalam tabung.Aduk rata dengan memipetkan ke atas dan ke bawah setidaknya 10 kali atau pada vortex mixer selama 30 detik.Inkubasi selama 3-5 menit pada suhu kamar.
Catatan: Jika tangkapan yang ditargetkan tidak akan dilakukan, tambahkan buffer elusi (10mM Tris-HCl, ph 8.0-8.5) untuk elusi.Jika tidak, air ultra murni yang disterilkan harus digunakan untuk elusi.
- Tempatkan tabung B pada rak magnetik.Pindahkan 20 μl supernatan ke tabung baru.
Hanya Untuk Penelitian
GDSBio Merupakan perusahaan teknologi tinggi yang berfokus pada penelitian dan pengembangan, produksi, dan penjualan produk ilmu hayati berkualitas tinggi.Perusahaan ini memiliki lini produk yang lengkap, dengan teknologi PCR sebagai intinya, berfokus pada PCR umum, PCR kuantitatif fluoresensi, penyimpanan NGS, elektroforesis asam nukleat dan teknologi biologi molekuler lainnya, dan telah mengembangkan reagen penelitian molekuler, bahan mentah diagnostik in vitro molekuler, ekstraksi asam nukleat dan reagen deteksi dan produk lainnya.
